Im Jahre 1415 kaufte die Wienerin Elisabeth Wartenauer das Grundstück, wo kleine Gebäude auf der Kärntner Straße 37 standen. Mit einer Stiftung im Jahre 1418 entstand dort ein Pilgrimhaus und in der Annagasse 3a wurde ein Pilgerspital errichtet.
Ein Jahrhundert später wurde in der Annagasse 3b die Annakirche als spätgotische vierjochige Saalkirche mit Strebepfeilern und einem Dachreiter über dem westlichen Giebel errichtet und 1518 eingeweiht.
Im Jahre 1531 wurden die Gebäude an den Orden der Clarissen übergeben, als Ersatz für deren Aufgabe des Klosters St. Clara am Albertinaplatz. Im Jahre 1582 wurden die Gebäude von Rudolf II. den Jesuiten übergeben, welche von 1627 bis 1629 auf der Kärntner Straße 37 Ecke Annagasse 3 und 3a und Johannesgasse 4 und 4a ein neues Jesuitennoviziat errichteten.
Von 1629 bis 1633 erfolgte eine frühbarocke Umgestaltung der Annakirche, wobei der gotische Chorschluss, der Dachreiter und die Gewölbe abgebrochen wurden, und der Saalbau um zwei Joche in den Baukörper des Noviziates nach Westen erweitert wurde. Dazu erfolgten Kapelleneinbauten zwischen den Strebepfeilern, eine Neueinwölbung des Saalbaues und die Errichtung eines Kirchturmes im Osten des Chores mit einem Wohnhaus in den Untergeschoßen. Am 20. November 1633 wurde im Beisein des Kaisers Ferdinand II. die erweiterte Kirche eingeweiht.
1897 hat der Orden der Oblaten des hl. Franz von Sales die Gottesdienste in der Annakirche übernommen und 1906 bekamen die Oblaten auch das Eigentumsrecht. Seit 1908 wird in der Annakirche das Allerheiligste täglich ausgesetzt und täglich Beichtgelegenheit gegeben.
Quelle: https://www.erzdioezese-wien.at/site/home/ausderdioezese
Deckenfresko unserer Kirche eine Weihnachtsdarstellung besonderer Art,
Wie für die Annakirche gemacht wirkt die Weihnachtsinstallation, die der Künstler Oswald Putzer zur Verfügung gestellt hat.
„Ich bringe meine künstlerische Kompetenz ein, um in einer Kombination aus Wort und Kunst Glaubensinhalte in schöpferischer Form zu transportieren.
1514 wurde der Grundstein zur Annakirche gelegt. Die 500-jährige Geschichte der Annakirche ist mittlerweile bekannt oder kann leicht anderweitig nachgelesen werden – nicht zuletzt im neuen, zu diesem Anlass angefertigten Kirchenführer. Nein, die Festmesse mit dem Wiener Erzbischof 
Auch die Predigt wirkte intim und kolloquial – und doch spannte sie einen mitreißenden Bogen von der Rolle der Annakirche als spirituelles Refugium über das Vorbild, das die heilige Familie bei der Bischofssynode in Rom hoffentlich noch spielen wird und die segnende Wirkung des liebenden Beziehungsgeflechtes, das den dreieinen Gott in sich ausmacht bis zu seinem irdischen Ausdruck in der Vielzahl der Heiligen: den allgegenwärtigen anerkannten Helfern wie auch all den unbekannten Menschen, die sich einfach um ein Leben in der göttlichen Unversehrtheit bemühten; wofür, um zum Anfang zurückzukommen, ein betreuter Ort der Hinwendung zu Gott ein großer Hilfsdienst ist, den die Oblaten des hl. Franz von Sales seit über 100 Jahren bieten.
Zum Dank für die Treue im Mitfeiern und Mitgestalten wurden alle zur Agape geladen, wo sich der hohe Gast, Freunde, Mitwirkende sowie Kirchenbesucherinnen und -Besucher noch bei einfacher, aber köstlicher Klosterbewirtung unterhalten konnten. Es ist immer eine besondere Aufgabe, ja auf keinen der zum Gelingen Beitragenden zu vergessen. Besonders hervorgehoben seien jedoch die routinierte liturgische Hilfstruppe aus dem Schottengymnasium, die tatkräftige und ideelle Mithilfe der Pfadfinderinnen und Pfadfinder durch die festliche Anwesenheit mit ihrer Gruppenfahne, der musikalische Rahmen durch die Choralschola St. Anna mit der Missa brevis no. 4 in C-Dur von Charles Gounod sowie das Streichquartett „medici et musici“ unter der Leitung von Dr. Ferdinand Raab und nicht zuletzt die Konzelebration aller in der Annakirche tätigen Geistlichen mit der Unterstützung ihres Provinzials Thomas Vanek und mehreren Mitbrüdern der Sales-Oblaten und der Augustiner.
Weitere Einzelheiten, die im Artikel nicht untergebracht werden konnten, erfahren Sie wieder in der 
Laut historischen Recherchen wurde im Jahr 1514 der Grundstein für die Kirche St. Anna in Wien gelegt –
1514 wurde der Grundstein für die Annakirche gelegt (Dehio, I. Bezirk). Als Dank für diese 500 Jahre Annakirche feierten wir am 16. Mai 2014 um 18 Uhr mit 
Unsere Kirche ist leicht zu finden. Sie gehen von der Staatsoper in der Kärntnerstraße Richtung Stephansdom. Die dritte Gasse nach rechts ist die Annagasse. Wenn Sie Ihre Augen erheben, sehen Sie einen Kirchturm. Der gehört zur Annakirche.