Im Jahre 1415 kaufte die Wienerin Elisabeth Wartenauer das Grundstück, wo kleine Gebäude auf der Kärntner Straße 37 standen. Mit einer Stiftung im Jahre 1418 entstand dort ein Pilgrimhaus und in der Annagasse 3a wurde ein Pilgerspital errichtet.

Ein Jahrhundert später wurde in der Annagasse 3b die Annakirche als spätgotische vierjochige Saalkirche mit Strebepfeilern und einem Dachreiter über dem westlichen Giebel errichtet und 1518 eingeweiht.

Im Jahre 1531 wurden die Gebäude an den Orden der Clarissen übergeben, als Ersatz für deren Aufgabe des Klosters St. Clara am Albertinaplatz. Im Jahre 1582 wurden die Gebäude von Rudolf II. den Jesuiten übergeben, welche von 1627 bis 1629 auf der Kärntner Straße 37 Ecke Annagasse 3 und 3a und Johannesgasse 4 und 4a ein neues Jesuitennoviziat errichteten.

Von 1629 bis 1633 erfolgte eine frühbarocke Umgestaltung der Annakirche, wobei der gotische Chorschluss, der Dachreiter und die Gewölbe abgebrochen wurden, und der Saalbau um zwei Joche in den Baukörper des Noviziates nach Westen erweitert wurde. Dazu erfolgten Kapelleneinbauten zwischen den Strebepfeilern, eine Neueinwölbung des Saalbaues und die Errichtung eines Kirchturmes im Osten des Chores mit einem Wohnhaus in den Untergeschoßen. Am 20. November 1633 wurde im Beisein des Kaisers Ferdinand II. die erweiterte Kirche eingeweiht.

1897 hat der Orden der Oblaten des hl. Franz von Sales die Gottesdienste in der Annakirche übernommen und 1906 bekamen die Oblaten auch das Eigentumsrecht. Seit 1908 wird in der Annakirche das Allerheiligste täglich ausgesetzt und täglich Beichtgelegenheit gegeben.

Quelle: https://www.erzdioezese-wien.at/site/home/ausderdioezese